二つの異なるGoogle アナリティクスタグを設置したい
基本的には1つでのトラッキングをおススメします。
複数のトラッキング コードをウェブページに挿入 – アナリティクス ヘルプにあるように推奨ではないからです。とはいっても自社と代理店で見たいものが違うなど、複数のタグを設置したい時もありますのでその場合の対応方法を説明します。
■マルチトラッキングにタグをカスタマイズする
Googleアナリティクスでマルチトラッキング | アクセス解析するとかしないとか
UniversalAnalytics（ユニバーサルアナリティクス）を、同一ページに複数設置する方法 | WEB担当者の備忘録
にあるように二つ目のIDの設定を追加すれば複数のIDでトラッキングが可能です。この場合、イベントやクロスドメインの処理が複雑になりますのでできるだけこういったカスタマイズをしないようにしてください。
■Googleタグマネージャーを使用する
GoogleタグマネージャーであればウェブプロパティIDを設定するだけで複数のGoogle アナリティクスタグを設定することができます。
詳しくは一つのサイトを複数のGoogleアナリティクスプロパティで計測してみる（マルチトラッキング）＜Googleタグマネージャ＞|Googleアナリティクス雑記帳をご覧ください。
いずれにしても初心者の方には難しい内容ですので、1つのWebサイトには1つのタグ、を基本にしておきましょう。