Google アナリティクスとAdwords連携で手動タグ設定（UTM 値）による自動タグ設定（GCLID 値）の上書きを許可できるようになってます。

■2013/08/05　追記
デフォルトではチェックは入っていません。

何のことか私もよく分かっていませんがちょっと注意が必要な感じなので書いておきます。

■プロパティ設定にいつの間にか登場

こんなところにこっそり登場。
しかもデフォルトではチェックが入っていると思われますのでかなり注意。

■この設定がなかった時はgclidが優先だったんですが

今まではutmとgclidの両方があった時は(確か)gclidが優先だったんですが、これがデフォルトということは両方設定していると(たまにある)utmが優先されてしまうということになるはずです。そうだとしたらかなり厄介ですね。utmの設定内容が実際のグループ分けなどと違っているとGoogle アナリティクス側では何もわかりませんから・・・。

■どんな時に使うのかがよく分からない・・・

ヘルプには、

アナリティクス以外で自動タグ設定を使用する場合

アナリティクス トラッキング以外の目的で AdWords アカウントの自動タグ設定を有効にする必要があり、なおかつアナリティクスで手動タグ設定を使用したい場合は、データの不一致を防ぐため次の設定を有効にしてください。

アナリティクスのアカウントにログインします。
右上の [アナリティクス設定] をクリックし、管理セクションを開きます。
該当するアカウントとプロパティを選択します。
[プロパティ設定] をクリックします。
[詳細設定] をクリックします。
[手動タグ設定（UTM 値）を許可して自動タグ設定（GCLID 値）を上書きする] チェックボックスをオンにします。
[適用] をクリックします。

と書いてありますがどんな時にこれを使うのでしょうか・・・。

いずれにせよ明確な意図がない限りはAdwordsにutmパラメータをつけないということを徹底しないといけないですね。